一、土地使用权抵押合同的相关限制
土地使用权抵押，是指土地使用权人以不转移土地占有的方式，将其所合法拥有的土地使用权作为债权担保，在债务人不履行债务时，债权人有权依法处分该土地使用权，并就处分所得价款优先受偿。根据《担保法》第37条的规定，土地使用权抵押合同中关于抵押标的的限制一般包括：1．土地所有权；2．除抵押人依法承包并经发包方同意抵押的荒山、荒沟、荒丘、荒滩等荒地之外的耕地、宅基地、自留地、自留山等集体所有的土地使用权，以及乡（镇）、村企业的土地使用权不得单独抵押；3．学校、幼儿园、医院等以公益为目的的事业单位、社会团体的教育设施、医疗卫生设施和其他社会公益设施；4．所有权、使用权不明或者有争议的财产；5．依法被查封、扣押、监管的财产；6.依法不得抵押的其他财产。上述法定限制在实践中一般较少引起争议，但是相对于《城市房地产管理法》第38条对土地使用权转让的严格限制而言，该类土地使用权在设定抵押权时却缺乏相应的限制性条件，造成实践 中当事人往往通过设定土地使用权抵押的方式规避法律有关转让的限制规定。多表现为：不具备转让条件的出让土地经由设定抵押权然后加以实现而达到转让或炒卖的目的；以划拨土地上建成的房屋设定抵押后实现抵押权而达到规避国家对划拨土地转让的控制；对乡镇企业的厂房等建筑物设定抵押后实现并达到农村集体建设用地土地使用权的流转；以及国有企业对其厂房等设定抵押而导致国有资产产权的变更等。因目前尚无统一法律或相当层次的规范性文件对其予以界定限制，对实践中的上述现象，司法审判中应严格审查其是否属于合法形式下的恶意规避行为，并可适用相关地方性规定予以限制。
二、土地使用权抵押合同在司法实践中的常见冲突
（一）土地使用权抵押权与工程价款优先权的冲突
因工程价款中含有劳务人员的劳务报酬，事关劳动者的基本生存权，依最高人民法院的司法解释规定，建筑工程承包人的优先受偿权优于抵押权和其他债权，在建筑物或其所附着的土地使用权上设定的抵押权实现时，必须先拨付施工承包人的工程价款。应注意的是，由于我国立法中房随地走的原则，此时因建筑物与其土地使用权属一并折价、拍卖，所得中不仅包含劳动力报酬和材料费用，还包括了土地费用和利润，而对后者施工承包人并不享有优先受偿权。因此，在相关案件裁判时，应严格界定并准确区分折价、拍卖所得中各项费用的构成。
（二）土地使用权抵押权与抵押人转让权的冲突
最高人民法院《关于贯彻执行＜中华人民共和国民法通则＞若干问题的意见（试行）》第115条规定，抵押物如由抵押人自己占有并负责保管，在抵押期间，非经债权人同意，抵押人将同一抵押物转让他人，或就抵押物价值已设置抵押部分再作抵押的，其行为无效。相应的，银行制定的借款格式合同中也限制了土地使用权抵押人在抵押期间向外转让土地使用权的处分权。但必须看到，该解释是制定于计划经济时期，侧重于保护国有企业债权人的利益，而在一定程度上忽视了抵押人的利益和促进流通的因素。1995年制定的《担保法》第49条则变更了这一司法宗旨，肯定了抵押人在履行通知和告知程序以及提供担保等义务的条件下，可依法转让抵押物包括设定抵押的土地使用权。而鉴于抵押权应有的排他性和追及性，最高人民法院在《关于适用＜中华人民共和国担保法＞若干问题的解释》第67条中进一步认定了“抵押权存续期间，抵押人转让抵押物未通知抵押权人或者未告知受让人的，如果抵押物已经登记的，抵押权人仍可以行使抵押权；取得抵押物所有权的受让人，可以代替债务人清偿其全部债务，使抵押权消灭。受让人清偿债务后可以向抵押人追偿。如果抵押物未经登记的，抵押权不得对抗受让人，因此给抵押权人造成损失的，由抵押人承担赔偿责任。”从而明确了土地使用权抵押和转让的权利冲突解决原则。
（三）土地使用权抵押权与土地上新建房屋买受人所有权的冲突
《担保法》第55条第1款规定，城市房地产抵押合同签订后，土地上新增的房屋不属于抵押物。’需要拍卖该抵押的房地产时，可以依法将该土地上新增的房屋与抵押物一同拍卖，但对拍卖新增房屋所得，抵押权人无权优先受偿。从而在实践中造成抵押权人和新建房屋买受人的权利冲突：新建房屋买受人对其所买受房屋的土地使用权因该土地使用权抵押权人的权利实现行为而必将宣告落空；而若无人肯受让地上房屋属于他人的土地使用权，该土地使用权的抵押权人的权利又必将无从得以实现。这在司法实践中已经产生相当多的争议与纠纷。对此，最高人民法院、国土资源部、建设部在2004年2月10日联合发出的《关于依法规范人民法院执行和国土资源房地产管理部门协助执行若干问匙酷勺通知》中专款规定：“在变价处理土地使用权、房屋时，土地使用权、房屋所有权同时转移；土地使用权与房屋所有权归属不一致的，受让人继受原权利人的合法权利。”在一定程度上提供了上述争执问题的解决方案。
（四）同一土地使用权上多项抵押权之间的冲突
除去在已设定抵押的土地使用权的剩余价值范围内再次设定抵押权这一不易引发争议的方式外，在同一土地使用权的同一价值范围内设定多次抵押时，抵押权人的权利如何得以实现成为各方当事人的争执焦点。这一问题在已设定使用权抵押的土地上构建商品房、而买受人又以所购房产（涵盖所附着的土地使用权）设定抵押向银行贷款时表现得尤为突出。对此类重复抵押，在先抵押人一般出于自身债权安全考虑而予以阻止，新债权人也往往不予接受。事实上，《担保法》第54条及最高人民法院《关于适用＜中华人民共和国担保法＞若干问题的解释》第78条中，已对该问题作了较圆满规定，司法实践中应遵照执行。
