专利行政案件的种类及诉讼管辖是当事人及代理人十分关注的问题。《专利法》修改之后，最高人民法院对此做了专门的规定，本文结合相关法律及规定对此问题作一阐述。
一、专利行政案件的种类
专利行政案件是人民法院审理的一类新型案件。由于作出行政决定的机关不同、决定的内容不同，专利行政案件可以分为以下三类：
（一）以专利复审委员会作为被告的专利行政案件
1. 不服专利复审委员会维持驳回申请复审决定的案件。根据《专利法》第41条的规定：专利申请人对国务院专利行政部门驳回申请的决定不服的，可以自收到通知之日起3个月内，向专利复审委员会申请复审。专利复审委员会复审后，做出决定，并通知专利申请人。专利申请人对专利复审委员会的复审决定不服的，可以自收到通知之日起3个月内向人民法院起诉。
具体说，这类案件是指专利申请人作为原告，对国家知识产权局专利局作出驳回其专利申请、不授予其专利权的决定不服，经过申请，由专利复审委员会审查后，专利复审委员会仍作出维持国家知识产权局专利局的驳回决定，这时，专利申请人以专利复审委员会作为被告，向人民法院提起的专利行政诉讼。
这类纠纷主要有以下两种情况：
第一种情况是：对形式审查阶段驳回发明、实用新型、外观设计专利申请人的复审决定不服而发生的纠纷。
我国对发明专利的审查采取形式审查（初步审查）加实质审查的全面审查制，而对实用新型和外观设计则实行初步审查制。
初步审查主要是进行明显缺陷审查和格式审查。对发明、实用新型和外观设计专利申请，明显不符合《专利法》规定的，中国专利局将向申请人发出审查意见通知书，要求申请人在指定期限内陈述意见或者补正。申请人陈述意见或者补正后，中国专利局仍然认为明显不符合《专利法》及《实施细则》规定的，则作出驳回专利申请的决定。
专利申请人对专利局驳回专利申请的不服的，可以在收到通知之日起3个月内，向专利复审委员会请求复审。专利复审委员会经过复审审查，作出复审决定，并通知申请人。
专利复审委员会作出的复审决定结果有两种：一种是撤销中国专利局的驳回决定。那么，专利申请将恢复到中国专利局作出驳回决定前的状态，审查程序继续进行；另一种是维持中国专利局的驳回决定。在这种情况下，专利申请人对专利复审委员会驳回复审请求的决定不服的，可以在法定期限内向人民法院起诉，由人民法院按照行政诉讼程序经过审理后，作出最终裁决。
第二种情况是：对实质审查阶段驳回发明专利申请的复审决定不服而发生的纠纷
根据《专利法》的规定，授予专利权的发明专利，应当具备新颖性、创造性和实用性。也就是说，要具备专利性。
我国对发明专利的审查，是由中国专利局根据申请人提出的实质审查请求，对其申请进行实质审查。当然，中国专利局认为必要的时候，也可以自行对发明专利申请进行实质审查。这就是说，一项发明专利申请经过初步审查后，即便公布了申请的技术内容，也还不能算得到了专利权，还须按程序进行实质审查。如果申请人无正当理由，逾期不请求实质审查，该发明专利申请即被视为撤回。
中国专利局对于发明专利申请“三性”的审查是按照新颖性、创造性和实用性逐一进行的，审查中对某一项实质性条件产生疑问时，便会及时向专利申请人发出审查意见通知书，要求申请人限期答复。申请人及时作了答复，并符合要求时专利审查将继续进行；如专利申请人的答复不符合要求，该发明专利申请将会被驳回。在发明专利申请被驳回的情况下，发明专利申请人对中国专利局驳回申请的决定不服的，可以在收到通知之日起3个月内，向专利复审委员会请求复审。专利复审委员会接受发明专利申请人的复审请求后，经过复审审查，作出复审决定。
复审决定的内容也会出现两种情况：一种是撤销中国专利局的驳回决定，这时，中国专利局应当按照复审决定的结果执行，继续将后续审查工作完成；另一种是维持中国专利局的驳回决定。发明专利申请人对专利复审委员会作出的维持中国专利局的驳回决定，即驳回发明专利申请人复审请求的决定不服的，可以在收到通知书后的法定期限内向人民法院提起行政诉讼。
发明专利申请在实质审查阶段被驳回，情况比较复杂。可能是遇到了新颖性障碍，也可能是遇到了创造性或者实用性等其他问题。人民法院审判这类案件一般应当根据案情的需要，聘请有关技术专家作陪审员或者技术顾问，以便更好地对争议的发明创造的技术内容进行分析，作出公正合法的判断。
2.不服专利复审委员会专利权无效宣告请求决定的案件。专利权被授予后，任何单位或者个人认为该专利权的授予不符合《专利法》规定的，都可以请求专利复审委员会宣告该专利权无效。请求人应当向专利复审委员会提交请求书，说明理由，必要时应当附具有关文件。在进行无效宣告审查过程中，专利复审委员会应当将专利权无效宣告请求书的副本和有关文件的副本送交专利权人，要求其在指定的期限内陈述意见。专利权人无正当理由期满不答复的，被视为无反对意见。对作出意见陈述的，专利复审委员会将进行审查。如果认为专利权人的陈述意见不能驳倒无效请求理由，专利复审委员会将同对待被视为无反对意见一样，便有可能作出宣告该专利权无效或者部分无效的决定。
根据《专利法》第46条的规定，专利复审委员会对宣告专利权无效的请求应当及时审查和做出决定，并通知请求人和专利权人。宣告专利权无效的决定，由国务院专利行政部门登记和公告。专利权人或者无效宣告请求人对专利复审委员会宣告专利权无效或者维持专利权的决定不服的，可以自收到通知之日起3个月内向人民法院诉讼。人民法院应当通知无效宣告请求程序的对方当事人作为第三人参加诉讼。
具体说，这类案件是指专利权人或者无效宣告请求人作为原告，对专利复审委员会作出的宣告专利权无效或者维持专利权有效的决定不服，以专利复审委员会作为被告，向人民法院提起的专利行政诉讼。
实践中，这类专利行政案件主要有三种情况：
第一，专利权人作为原告，对专利复审委员会作出的宣告专利权无效或者部分无效的决定不服提起的专利行政诉讼；
第二，无效宣告请求人作为原告，对专利复审委员会作出的宣告专利权有效或者部分有效的决定不服，提起的专利行政诉讼；
第三，专利权人和无效宣告请求人分别作为原告，均对专利复审委员会作出的专利权部分有效、部分无效的决定不服，提起的专利行政诉讼。
在前两种情况下，无效宣告请求人或者专利权人作为专利无效决定的相对人，应当以第三人的身份参加专利行政诉讼。
（二）以国家知识产权局专利局为被告的专利行政案件
1. 不服国家知识产权局专利局作出的实施强制许可决定的案件。《专利法》第48条至第50条规定了三种强制许可的情况，国务院专利行政部门可以依法作出实施发明专利或者实用新型专利的强制许可决定。根据《专利法》第55条规定，专利权人对国务院专利行政部门关于强制许可的决定不服的，可以自收到通知之日起3个月内向人民法院起诉。
2.不服国家知识产权局专利局作出的实施强制许可使用费裁决的案件。根据《专利法》第54条规定：取得实施强制许可的单位或者个人应当付给专利权人合理的使用费，其数额由双方协商；双方不能达成协议的，由国务院专利行政部门裁决。
《专利法》第55条规定：专利权人和取得实施强制许可的单位或者个人对国务院专利行政部门关于实施强制许可的使用费的裁决不服的，可以自收到通知之日起3个月内向人民法院起诉。
提起这类专利行政诉讼的前提，是国务院专利行政部门已作出强制许可的决定，而当事人之间仅仅因强制许可使用费数额不能达成协议，由国务院专利行政部门作出裁决，当事人又不服的情况下提起的诉讼。
3.不服国务院专利行政部门行政复议决定案件。根据国务院制定的《行政复审条例》，公民，法人或者其他组织对国家行政机关作出的具体行政行为不服，可以提起行政复议。对行政复议决定不服的，可以提起行政诉讼。
国家知识产权局专利局作为一个国家行政机关，在行使行政管理职权过程中，会做出许多具体行政行为。根据中国专利局《行政复议规程》的规定，当事人对专利局的具体行政行为不服或产生争议，可以向中国专利局申请行政复议。申请人对复议决定不服的，可以以中国专利局作为被告，向人民法院提起行政诉讼。
专利局作出的具体行政行为很多，专利申请人、专利权人及其他利害关系人，对专利局作出的具体行政行为不服，也可以提出行政复议申请。如对专利局作出的不予批准其设立专利代理机构的决定不服的，对专利局作出的同意专利权人自动放弃专利权的决定不服的，等等，也可以向专利局提出行政复议申请。
专利申请人、专利权人及其他利害关系人对专利局作出的具体行政行为不服，可以提出行政复议申请。
中国专利局设立复议机构审理复议案件。复议机构应当在收到复议申请书之日起两个月内作出复议决定。
复议申请人或者第三人对复议决定不服的，可以在收到复议决定书之日起15日内向北京市中级人民法院起诉。
（三）以管理专利工作的部门为被告的专利行政案件
《专利法实施细则》第78条明确规定，管理专利工作的部门，是指由各省、自治区、直辖市人民政府以及专利管理工作量大又有实际处理能力的设区的人民政府设立的管理专利工作的部门。这条规定表明，过去《专利法实施细则》中规定的国务院有关主管部门设立的专利管理机关，不再是《专利法》意义上的管理专利工作的部门。只有各省、自治区、直辖市人民政府以及一些符合法定条件的人民政府设立的专利管理机关，简称地方专利管理机关，才是《专利法》意义上的管理专利工作的部门，有的称为地方知识产权局。目前，全国已建立地方专利管理机关有54个。《专利法》及其《实施细则》中对管理专利工作的部门的职能的规定仅适用于它们。
《专利法》及《专利法实施细则》明确规定了管理专利工作的部门是地方政府机关的职能部门，负责本行政区域内的专利管理工作，它应当是各级政府的组成部分。从法律规定的权限看，它具有专利管理和专利执法的双重职能。依照《专利法》及《专利法实施细则》的规定，它们可以根据当事人的申请或者依职权解决以下纠纷：
1.责令停止专利侵权行为。依照《专利法》第57条的规定，未经专利权人许可，实施其专利即侵犯其专利权，引发纠纷的，专利权人或者利害关系人可以请求管理专利工作的部门处理。管理专利工作的部门处理时，认定侵权行为成立的，可以责令侵权人立即停止侵权行为。当事人不服的，可以自收到通知之日起15日内向法院提起行政诉讼。侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，管理专利工作的部门可以申请人民法院强制执行。
2.处罚假冒他人专利行为。根据《专利法》第58条的规定：假冒他人专利的，除依法承担民事责任外，由管理专利工作的部门责令改正并予公告，没收违法所得，可以并处违法所得3倍以下的罚款，没有违法所得的，可以处5万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
管理专利工作的部门处罚假冒他人专利行为是《专利法》授予的权利，其有权依法主动查处。当事人对处罚决定不服的，可以自受到通知书之日起15日内向有管辖权的人民法院提起行政诉讼。
3.处罚冒充专利行为。根据《专利法》第59条的规定，以非专利产品冒充专利产品、以非专利方法冒充专利方法的，由管理专利工作的部门责令改正并予公告，可以处5万元以下的罚款。
管理专利工作的部门处罚冒充专利行为也是《专利法》授予的职权，其有权主动查处。当事人对处罚决定不服的，可以自受到处罚通知书之日起15日内，向有管辖权的人民法院提起行政诉讼。
4. 对专利代理机构或者专利代理人的惩戒行为。根据《专利代理惩戒规则（试行）》的规定，各省、自治区、直辖市知识产权局分别设立专利代理惩戒委员会，对专利代理机构及专利代理人的违纪违法行为予以惩戒。对专利代理机构的惩戒包括警告、通报批评、停止承接新代理业务3至6个月。对专利代理人的惩戒分为警告、通报批评、收回专利代理人执业证书等。当事人对惩戒委员会作出的决定不服的，可以在收到惩戒决定书之日起2个月内依法申请复议。对复议决定仍不服的，可以向人民法院提起行政诉讼。
5.调解侵权损害赔偿数额。依照《专利法》第57条的规定，管理专利工作的部门根据受到侵害的专利权人及其利害关系人的请求，可以在对专利侵权纠纷进行处理的过程中，就侵犯专利权的行为给专利权人或者利害关系人造成损失的数额进行调解。调解达成协议的，当事人应当自觉履行。调解不成的，管理专利工作的部门不能作出行政决定，当事人可以向人民法院提起民事诉讼。
6.调解临时保护期间的费用纠纷。依照《专利法实施细则》第79条规定，专利权授予后，管理专利工作的部门根据专利权人的请求，可以对发明专利申请公布后、专利权授予前他人使用其发明，应当向专利权人支付适当的费用引发的纠纷进行调解。
7. 调解专利申请权纠纷。依照《专利法实施细则》第79条规定，管理专利工作的部门根据发明人或者设计人或其单位的请求，可以对发明人或者设计人与其所属单位对其发明创造是否属于职务发明的争议进行调解；也可以依当事人的申请，对因履行技术开发合同完成的发明创造产生的专利申请权纠纷进行调解。
8.调解专利权归属纠纷。专利权归属纠纷是在专利申请权纠纷的基础上产生的，是指引起专利申请权纠纷的两种情况，发生在专利权授权之后。根据《专利法实施细则》第79条的规定，地方管理专利工作的部门有权依当事人的申请对专利权归属纠纷进行调解。
9. 调解职务发明创造的发明人或者设计人与单位之间发生的奖金或者报酬纠纷。《专利法实施细则》第79条规定，单位对职务发明创造的发明人或者设计人没有依法发给奖金或者支付报酬的，发明人或者设计人可请求管理专利工作的部门进行调解。这种争议实际上是一种因奖金、报酬而发生的争议。
10.调解发明人、设计人资格纠纷。根据《专利法实施细则》第79条的规定，发明人或者设计人在专利申请过程中或者在获得专利权之后，因该发明创造的发明人或者设计人的资格发生纠纷，争议谁是真正的发明人或者设计人，可以申请由地方管理专利工作的部门进行调解。
前面所列管理专利工作的部门调处纠纷的范围共10项，其中对1、2、3、4四项，管理专利工作的部门可以作出行政决定，即具体的行政行为。对此行政决定不服的，相对人可以以管理专利工作的部门为被告，向有管辖权的人民法院提起行政诉讼。而对其余纠纷，管理专利工作的部门在执法中主要是根据当事人的申请进行调解，调解不成的，当事人可以以原来的对方当事人为被告，重新向人民法院提起民事诉讼。即便是在管理专利工作的部门主持下做出了调解结论，一方当事人又反悔的，仍然可以向人民法院提起民事诉讼。可见，管理专利工作的部门作出的调解书，只是在当事人自愿履行的前提下，才具有实际意义。
二、专利行政案件的诉讼管辖
（一）以专利复审委员会作为被告的专利行政案件的诉讼管辖
根据相关法律及最高人民法院有关司法解释的规定，以专利复审委员会作为被告的专利行政案件均由北京市中级人民法院作为第一审法院，北京市高级人民法院作为第二审法院。
由于北京市有两个中级人民法院，国家知识产权局地处海淀区，从地域上属于第一中级人民法院管辖，因此，北京市高级人民法院在2002年8月作出规定，当事人不服专利复审委员会的复审决定提起行政诉讼的专利行政案件，暂均由北京市第一中级人民法院管辖，第二中级人民法院暂不受理。
在司法实践中，人们更关心的是，在人民法院实行大民事格局的情况下，原专属于知识产权审判庭审理的这类专利行政案件，将来是归行政审判庭审理，还是归民事审判第三庭（知识产权审判庭）审理。对此，为了明确分工，加强合作，最高人民法院于2002年5月21日专门作出批复，规定：“对于人民法院受理的涉及专利或者注册商标专利权的民事诉讼，当事人就同一专利或者商标不服专利复审委员会的无效宣告请求复审决定或者商标评审委员会的裁定而提起诉讼的行政案件，由知识产权审判庭审理；不服专利复审委员会或者商标评审委员会的复审决定或者裁定的其他行政案件，由行政审判庭审理。”
为了更好地贯彻执行最高人民法院的上述批复内容，北京市高级人民法院于2002年8月13日又专门发出《关于执行〈最高人民法院关于专利法、商标法修改后专利、商标相关案件分工问题的批复〉及国际贸易行政案件分工的意见（试行）》，其中涉及专利行政案件问题分工的主要内容有：
1.该意见第3条规定：“对于人民法院受理的涉及专利权或者注册商标专用权的民事诉讼，当事人就同一专利或者商标不服专利复审委员会或者商标评审委员会决定或者裁定而提起诉讼的行政案件，由民事审判庭审理。”
这一规定的含义是：当事人向北京市第一中级人民法院以专利复审委为被告提起行政诉讼时，如果之前当事人之间已就同一专利发生侵权等民事诉讼，该专利行政纠纷则由民事审判庭审理。
2.该意见第4条规定：“涉及专利权或者注册商标专用权的民事案件已经审结，当事人就同一专利或者商标不服专利复审委员会的无效宣告请求复审决定或者商标评审委员会的裁定而提起行政诉讼的，该行政案件仍由审理原民事案件的民事审判庭审理。”
这一规定的含义是：当事人向北京市第一中级人民法院以专利复审委员会为被告提起行政诉讼之前，只要围绕涉案的专利权已发生过侵权等民事纠纷，并已审结的，该专利行政纠纷则由民事审判庭审理。
3.该意见第5条规定：“人民法院受理的涉及当事人不服行政管理机关针对民事争议所作决定的行政诉讼，由行政审判庭审理。若当事人就此专利或者商标不服专利复审委员会或者商标评审委员会决定或者裁定又提起行政诉讼的，由民事审判庭审理。”
这一规定的含义是：当事人在向北京市第一中级人民法院提起以专利复审委员会为被告的专利行政诉讼之前，已在地方管理专利工作的部门申请解决侵权等争议，对此地方管理专利工作的部门作出的行政决定，其中一方当事人不服，并向有关人民法院以地方管理专利工作的部门为被告提起行政诉讼，这一诉讼由行政审判庭管理；而以专利复审委员会为被告的专利行政诉讼则由民事审判庭审理。
由上述规定可见，对于以专利复审委员会为被告的专利行政案件，均暂由北京市第一中级人民法院管辖这一点已经明确。在北京市第一中级人民法院内部由行政审判庭审理，还是由民事审判庭审理，则主要看在当事人提起专利行政诉讼之前是否就同一专利有或者曾经有过民事争议，有民事争议的，不论该争议已在法院审理中，还是已经审理完毕；不论在地方管理专利工作的部门处理中，还是已处理完，进入行政监督程序，该专利行政案件均由北京市第一中级人民法院民事审判庭审理。而无民事争议的，则由行政审判庭审理。
再具体讲，对于专利复审委员会作出的专利权无效行政决定引发的专利行政案件中，专利权人与他人之间因侵权、合同引发民事争议之后，当事人就同一专利反诉专利权无效，从而引发的专利无效行政纠纷应当由民事审判庭审理；而在没有任何民事争议的情况下，无效宣告请求人直接向专利复审委员会请求宣告某项专利权无效，而引发的专利无效行政案件，由行政审判庭审理。
对于专利复审委会在复审审查中，依职权作出的是否应当授予专利权的复审决定，专利申请人不服该行政决定，起诉到法院的专利行政案件，因为专利权尚未授予，也不可能发生侵权等民事争议，因此，这类以专利复审委员会为被告的专利行政案件由行政审判庭审理。
（二）以国家知识产权局专利局为被告的专利行政案件的诉讼管辖
这类行政案件根据相关法律和有关民事法律规定，也均由北京市第一中级人民法院管辖，北京市高级人民法院作为第二审法院。
根据1985年2月16日最高人民法院《关于开展专利审判工作的几个问题的通知》的规定，关于实施强制许可的纠纷案件、关于实施强制许可使用费的纠纷案件，均由北京市中级人民法院作为第一审法院，北京市高级人民法院为第二审法院。并规定：关于实施强制许可的纠纷案件，应当以国家专利局为被告。关于实施强制许可使用费的纠纷，仍应以在国家专利局处理时的争议双方为诉讼当事人。根据这一规定，当初这两类纠纷均作为专利纠纷，由经济审判庭审理。但是，十几年来，这类纠纷在实践中并未发生过。此外，最高人民法院在多个关于专利的司法解释中，也未就这类专利案件的管辖分工作过具体的规定。
