该案件是针对甲公司2006-2009年度，在S集团有限公司股权变化过程中涉税问题进行的检查。
　　甲公司是由C集团有限公司和D实业有限公司共同投资组建，其业务范围是包括投资及投资管理、节能产品研发及销售、信息咨询、销售汽车及汽车配件和电子计算机系统集成。北京市地税局稽查二局检查组就甲公司的纳税情况进行了检查。
　　企业所得税检查情况
　　甲公司2006年-2009年具体参与了S集团有限公司股权转让。检查组在检查过程中，重点检查了长期股权投资、投资收益、其他应付（收）款等科目。调取了甲公司2006年1月至2008年12月的账簿3本，股权转让合同3份，记账凭证52本，各年度相关的财务、税收报表若干以及股东大会决议等资料。
　　检查发现，S集团有限公司股权变化情况如下：
　　1、收购S集团有限公司31.52%的股权
　　2006年5月27日甲公司与V省K单位签订《股权转让协议书》，约定：甲公司以1，241，266，525.20元人民币的价格收购V省K单位持有的S集团有限公司的1，127，399，231.24元的股权，占S集团有限公司注册资本的31.52%.
　　甲公司2006年-2008年分四笔共计支付股权转让款1，241，266，525.20元，分两笔支付了股权转让款滞纳金50，661，168.92元。
　　2、出资增加S集团有限公司注册资本
　　S集团有限公司2006年6月28日召开2006年第三次股东会会议，会上形成决议：全体股东一致同意公司的注册资本由35.7654亿元增至72.94亿元，新增加注册资本37.1746亿元。公司新增资本金全部以公司现有股东增加出资的方式进行，其中：股东甲公司新增出资额1，687，423，478.28元。全体股东一致同意甲公司的新增出资额采用分期出资方式缴付。增资后甲公司持有的S集团有限公司31.52%股权增加到38.59%.
　　甲公司分七笔共计支付S集团有限公司增资款1，119，715，347.87元。
　　3、转让S集团有限公司6.21%的股权
　　2008年1月21日，甲公司与S集团有限公司的其他四家股东G公司、L公司、P公司、U公司签订了《股权转让协议》。约定以0元的价格转让甲公司持有的S集团有限公司的453，453，280.85元股权，该部分股权占S集团有限公司注册资本的6.21%.根据协议第三条的规定，本次转让后各受让方应按照其本次受让的股权承担相应的出资义务。根据此协议，增资S集团有限公司6.21%相对应的增资额由各买方承担。
　　此次转让后，甲公司持有S集团有限公司32.38%的股权。
　　4、以未分配利润转增S集团有限公司注册资本
　　2008年1月21日S集团有限公司召开2008年第一次股东会议。经全体股东审议形成如下决议：
　　（1）S集团有限公司以2007年12月31日的未分配利润冲减了甲公司没有到位的68，909，521.48元增资款。同时按照出资比例转增实收资本，转增后S集团有限公司注册资本增加到72.94亿元。甲公司获得217，079，041.14元的转增资本。
　　（2）S集团有限公司以2007年12月31日的未分配利润按照出资比例再次转增实收资本。转增后S集团有限公司注册资本增加到77.6亿元。甲公司获得的转增资本达到367，942，511.63元。
　　5、出售S集团有限公司32.37%的股权
　　2008年2月4日甲公司与M集团公司、V省K单位签订股权转让协议，分别转让持有的S集团有限公司15.35%和17.02%股权，合同约定转让价格为1，316，984，638.64元和1，480，798，163.58元，共计应取得转让收入2，797，782，802.22元。
　　该单位分五笔共计取得M集团公司股权转让款1，205，439，991.43元；分三笔共计取得V省K单位股权转让款668，000，000元。上述两者相加共计取得股权转让款1，873，439，991.43元，经与合同约定转让总额进行比对，检查组发现有924，342，810.79元的差额。随后进行核实时，甲公司提供了两张委托付款函以及付款单据，证明甲公司委托S集团有限公司和V省K单位将上述款项转入了N股份有限公司，尚未进行账务处理。
　　S集团股权投资收益的判定
　　检查组对甲公司关于S集团有限公司股权变化的检查情况与V省国税局稽查局的调查情况一致。甲公司通过收购和增资前后共向S集团有限公司及其股东支付2，360，981，873.07元，支付滞纳金50，661，168.92元，通过出售S集团有限公司的股权取得2，797，782，802.23元，差额为38，6139，760.24元。
　　经财政部、国家税务总局研究，最终处理意见如下：按照《企业所得税法实施条例》第十七条条规定，股息、红利等权益性投资收益按照被投资方作出利润分配决定的日期确定收入的实现。本案中转资本的386，139，760.24元当中的367，942，511.63元应予以扣除，余额18，197，248.61元作为转让财产所得应缴纳企业所得税。根据《企业所得税法》权责发生制原则，该部分收益应在签订股权转让合同的2008年确认收入。
　　案件处理结果及政策依据
　　1、企业所得税
　　根据《国家税务总局关于修改企业所得税纳税申报表的通知》国税发[2006]56号文件中第四条第五款的规定，2008年1月-12月，甲公司申报应纳税所得额为-4766705.12元，调增应纳税所得额18197248.61元，调整后应纳税所得额为13430543.49元，应缴纳企业所得税3357635.87元。结合根据《企业所得税法》第六条第四项、《企业所得税实施条例》第十七条的规定，确定甲公司应补缴企业所得税3357635.87元。
　　2、滞纳金
　　根据《税收征收管理法》第三十二条纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金的有关规定，该公司应缴滞纳金196421.70元。
　　3、罚款
　　根据《税收征收管理法》第六十三条的规定，甲公司未将全部经营收入作为计税依据申报缴纳相关税款，进行虚假纳税申报，涉嫌偷税。应对该单位偷税行为处以企业所得税税款2倍的罚款，共计6715271.74元。经计算偷税比例为94%，已达到移送标准。
　　案例分析与点评
　　在本案件中，先后涉及两个关于股权转让的法规性文件，而两个文件所指的对象迥然不同。
　　第一个是《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》国税发[2000]118号文件当中的第一条第一款：“企业的股权投资所得是指企业通过股权投资从被投资企业所得税后累计未分配利润和累计盈余公积金中分配取得股息性质的投资收益。”在这当中，重点指的是“分配取得”，意指企业从被投资企业实际取得的收入，例如股息、红利或未分配利润转增股本。
　　第二个是《国家税务总局关于企业股权转让有关所得税问题的补充通知》国税函[2004]390号文件当中的第一条：“企业在一般的股权买卖中，应按《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）有关规定执行。股权转让人应分享的被投资方累计未分配利润或累计盈余公积应确认为股权转让所得，不得确认为股息性质的所得。”在这当中重点指的是“应分享”，意指企业从被投资企业没有实际取得的收入。应注意两者之间的区别。
　　结合本案，国家税务总局引述的《企业所得税实施条例》第十七条所指的股息、红利等权益性投资收益按照被投资方作出利润分配决定的日期确定收入的实现。实际与《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》国税发[2000]118号文件的精神相结合的，即S集团公司在2007年年底股东大会作出的以未分配利润转增甲公司所持股本的决定时，甲公司所获得的3.67亿元资本收益，应在2007年年度内确认为股息性质的所得，在以后的股权转让收入中免征企业所得税。